Fiscalía, Procuraduría, organizaciones de víctimas y derechos humanos, sentencias
La información que tienen la Fiscalía, la Procuraduría, las organizaciones de víctimas y las de derechos humanos, y la que está en sentencias ya existentes (por ejemplo, las de Justicia y Paz), son los insumos para todo el sistema. La organizaciones de víctimas y derechos humanos, además, pueden presentar escritos acusando a personas ante la Sala de reconocimiento, pero para ello tienen que presentar las pruebas.
 
Sala de reconocimiento y determinación de hechos
Es el repartidor y organizador de casos de toda la jurisdicción. Su función es organizar y concentrar la actividad de la Jurisdicción de Paz en las situaciones, prácticas y casos más representativos de los delitos que violan el Estatuto de Roma (el que crea la corte Penal Internacional). En esa medida, tiene el poder de filtrar qué hechos entran al sistema y cuáles no, un poder enorme.

Ese poder será aún más grande porque, en principio, la Sala se dará su propio reglamento, definirá su propia planta de personal para que evolucione según la carga de trabajo, emitirá órdenes a la Fiscalía, Procuraduría para que le suministren la información que necesita y les dirá cómo presentarla y en qué secuencia organizar su trabajo. Con esa información, describe las prácticas o situaciones de mayor gravedad e identifica a todos los que participaron directa o indirectamente en esos hechos y las posibles sanciones que tendrían. Y los llama a hacer su reconocimiento.

No está claro cuántos magistrados integrarían esta Sala, que será un órgano muy poderoso al ser el filtro de entrada a toda la jurisdicción.
 
Sala de amnistía e indulto
Cuando la sala de reconocimiento encuentra hechos que, a su juicio, son materia de amnistía, se los envía a esta sala para que decida.

La sala de amnistía, partiendo de la ley de amnistía que tramitará el Congreso, evalúa los hechos y tomará una decisión. Si la decisión es que la sala de reconocimiento tiene la razón, emite directamente una resolución de amnistía, con la que los involucrados quedan libres. Si decide que no son objeto de amnistía, por ejemplo porque son delitos de lesa humanidad, los devuelve a la sala de reconocimiento para que ésta proceda a describir los hechos, identificar a los posibles responsables y llamarlos a hacer su reconocimiento.
 
Sala de definición de la situación jurídica
Los casos que no constituyen delitos internacionales (es decir, que no son de lesa humanidad, genocidio ni crímenes graves de guerra) pero que tampoco son amnistiables (por ejemplo, porque fueron cometidos por agentes del Estado) llegan a esta sala. Ella define la situación jurídica de esos casos, con lo que puede o enviarlos a la salade reconocimiento si pueden entrar en la jurisdicción especial, o no aceptarlos si no están dentro de la competencia de ésta (por ejemplo, si determina que no fueron cometidos en relación con el conflicto).
 
Informe
Con toda la información que reciba, la Sala de reconocimiento armará informes sobre situaciones, prácticas y casos más representativos. Esos informes describirán en su totalidad la situación, práctica o caso (como la masacre de Bojayá o el reclutamiento de menores por parte de las Farc) e incluirán a todos los responsables de él o ella en cualquier grado (desde los jefes hasta los más rasos, incluyendo los financiadores o determinadores externos, si los hay) y dirá de qué son exactamente responsables. Así, esos informes serán el sustento de los procesos que llevarán a las sentencias.
 
Reconocimiento
Las personas que aparecen en los informes de la sala de reconocimiento pueden decidir reconocer su participación en esos hechos de forma colectiva (la que prefieren las Farc) o individual (como prefieren los militares), aceptando formalmente ante la Sala de reconocimiento que las cosas fueron tal y como las muestra un informe. La Sala revisa si ese reconocimiento es completo y efectivo, es decir, si aceptan totalmente lo que dice el informe.

Ya con el reconocimiento completo, se inicia un proceso judicial relativamente rápido y sencillo.
 
No reconocimiento
Los presuntos responsables de los hechos que describen los informes de la sala de reconocimiento pueden decir que no son responsables de ellos. También pueden insistir en un reconocimiento que la Sala de reconocimiento les pidió que completaran, lo que llevaría a que ésta lo rechace por incompleto.

En cualquier de esos casos, pasan a un proceso judicial más largo y complejo, en el que pueden salir absueltos o condenados.
 
Órgano de investigación y acusación
Este organismo es el equivalente a la Fiscalía en la jurisdicción para la paz, y será autónomo tanto de las Salas como del Tribunal. No se sabe aún quién lo encabezará ni cómo se componerá.

Cuando los posibles responsables no reconozcan su responsabilidad, la Sala de reconocimiento le pasa la información a este Órgano, que se encarga de armar una acusación formal, para lo que puede pedirle información adicional a entidades públicas como la Fiscalía General.
 
Tribunal de Paz
Esta corte, que será el máximo órgano de la justicia transicional y cuyas decisiones son las finales, tendrá alrededor de 20 magistrados, pero aún no se ha definido ni la cifra exacta ni cómo se elegirán. Aunque habrá algunos extranjeros, solo entrarán a decidir cuando así lo solicite la persona procesada, quien no podrá elegir el nombre del magistrado (se sorteará de una lista o algo semejante).
 
Sección de revisión
Ésta es la entrada al sistema de quienes tengan una sentencia condenatoria en la jurisdicción ordinaria, como un militar hoy condenado por falsos positivos o una persona condenada por protesta en vía pública que quiere que su ondena pase a ser por rebelión . Ellos podrán pedir que su caso sea incluido en la justicia transicional para beneficiarse de las sentencias especiales, y para eso deben lelevar su acaso a esta sección, que revisa los hechos.Si encuentra que sí cumple con los requisitos para que sea competencia de la justicia transicional, lo envía a la Sala de amnistía si es un delito amnistiable (por ejemplo, un guerrillero hoy condenado por rebelión) o a la sección de reconocimiento si es un delito no amnistiable (por ejemplo, un soldado por un “falso positivo”).
 
Sección de reconocimiento
Cuando uno o varios responsables reconocieron su responsabilidad ante la Sala de reconocimiento, ésta envía el proceso a la sección de reconocimiento del Tribunal. La Sala contrasta esa información con la de otras fuentes (como sentencias judiciales o reportes de organizaciones de derechos humanos) y emite una sentencia.
 
Sección de enjuiciamiento
Si el o los responsables no reconocen su responsabilidad, el proceso llega a esta sala para que se produzca un juicio. En esta sala se confrontan las posturas del órgano de acusación y de la defensa, se presentan y discuten pruebas y, en general, se lleva a cabo un juicio completo.
 
Sentencia propia de la jurisdicción
Las sentencias de la sección de reconocimiento son las más favorables para los responsables. De una lista predeterminada (pero que hoy todavía no existe), y según la gravedad de los hechos, define una condena con privación efectiva de libertades, en la que habrá vigilancia de lo que haga el condenado, y con acciones restaurativas (como colaborar con el desminado en una zona o hacer un acueducto).

Aún no está claro cuáles serán esas restricciones, cuál será el régimen aplicable (por ejemplo, si tendrán que estar en una finca, en una vereda o en un municipio, o si tendrán vigilancia física, electrónica o sencillamente deberán presentarse periódicamente ante algún funcionario).
 
Reconocimiento tardío
En esta etapa, los responsables pueden reconocer que sí son responsables de los hechos por los que están en juicio.
 
No reconocimiento
Los responsables pueden mantenerse en su postura de no reconocer su responsabilidad.
 
Sentencia con pena alternativa
En este caso, la sala de enjuiciamiento puede sacar una sentencia que condena a entre 5 y 8 años de cárcel.
 
Condena ordinaria
Si la sala de enjuiciamiento encuentra probada la responsabilidad, puede emitir una sentencia de hasta 20 años de cárcel, similar (aunque más leve) que la de un proceso penal por fuera de la justicia transicional (pues en normalmente el tope es de 60 años de cárcel).
 
Sección de apelación
Los responsables pueden apelar su sentencia si no están de acuerdo con ella. esta sección, que en principio también hará parte del Tribunal, es el encargado de revisarlas.
 
Sentencia definitiva
La sección de apelación emitirá la sentencia definitiva.
 
Absolución
Si la sala de enjuiciamiento no encuentra razones para condenar, puede emitir una sentencia absolutoria.