En este departamento, existen dos pueblos indígenas y a lo largo de toda la Costa Pacífica están asentadas las comunidades afro.
En los territorios de los Embera y Wounnan, donde también hay consejos comunitarios afro, conviven las multinacionales Votorantin y AngloGold Ashanti con la minería artesanal y mecanizada en su mayoría informal de las comunidades negras.
Para los afro, la minería es en muchos casos la única fuente de ingresos para sus comunidades, y es común ver en las orillas de los ríos a familias enteras buscando oro.
Con la creación de la Unidad Especial Contra la Minería Ilegal en abril de 2014, que está destruyendo motobombas y retroexcavadoras que operan ilegalmente, las comunidades negras se han visto particularmente afectadas ya que no tienen los títulos de explotación.
Los indígenas, por su parte, se han opuesto a la minería ya que los ríos San Juan, Quito, Nóvita y Cabi, que son sus fuentes de pesca, están contaminados. Como medida de prevención, al Cabildo de Andágueda en el municipio de Bagadó se le concedieron títulos mineros, y la comunidad indígena del Medio Atrato tiene tres títulos en trámite con el fin de impedir la explotación por parte de particulares o multinacionales en sus tierras.
Aunque la posición ideológica y económica frente a la minería entre afros e indígenas sea diferente, han coincidido en que haber entregado títulos sin consultarle a las comunidades va en contra de la ley.
Por esta razón, Votorantin y AngloGold Ashanti cuentan con títulos mineros en el departamento, pero carecen de la licencia social para arrancar con los trabajos de explotación.